SubstanceReferenceInformation — Référencement scientifique

Bloc transversal qui regroupe les gènes, éléments génétiques, cibles biologiques et références bibliographiques associés à une substance. Le lien entre la chimie d'une substance et la littérature pharmacologique.

Objet de la ressource

La caractérisation chimique d'une substance ne suffit pas à comprendre son comportement pharmacologique. SubstanceReferenceInformation porte la couche d'information référentielle qui répond aux questions « quelle est sa cible ? », « quel gène code la protéine cible ? », « quel domaine de cette protéine est impliqué ? », « d'où provient l'information ? ».

Cas typiques : trastuzumab cible HER2 (gène ERBB2, UniProt P04626) chez Homo sapiens, interaction de type antagoniste. La ressource ne contient pas l'activité, mais la carte d'identité référentielle qui permet de la retrouver dans les bases publiques.

Champs clés

Exemple JSON

Trastuzumab cible HER2 (gène ERBB2, UniProt P04626), interaction antagoniste, Kd 0.1 nM :

{
  "resourceType": "SubstanceReferenceInformation",
  "id": "example-trastuzumab-target",
  "comment": "Reference information for trastuzumab (anti-HER2 monoclonal antibody)",
  "gene": [{
    "geneSequenceOrigin": {
      "coding": [{
        "system": "http://terminology.hl7.org/CodeSystem/gene-origin",
        "code": "homo-sapiens",
        "display": "Homo sapiens"
      }]
    },
    "gene": {
      "coding": [{
        "system": "http://www.genenames.org",
        "code": "HGNC:3430",
        "display": "ERBB2"
      }]
    },
    "source": [{
      "type": "DocumentReference",
      "display": "NCBI Gene ID 2064"
    }]
  }],
  "geneElement": [{
    "type": {
      "coding": [{
        "system": "http://terminology.hl7.org/CodeSystem/gene-element-type",
        "code": "domain"
      }]
    },
    "element": {
      "system": "http://www.uniprot.org",
      "value": "P04626"
    }
  }],
  "target": [{
    "target": {
      "system": "http://www.uniprot.org",
      "value": "P04626"
    },
    "type": {
      "coding": [{
        "system": "http://terminology.hl7.org/CodeSystem/target-type",
        "code": "receptor"
      }]
    },
    "interaction": {
      "coding": [{
        "system": "http://terminology.hl7.org/CodeSystem/target-interaction",
        "code": "antagonist"
      }]
    },
    "organism": {
      "coding": [{
        "system": "http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy",
        "code": "9606",
        "display": "Homo sapiens"
      }]
    },
    "amountQuantity": { "value": 0.1, "unit": "nM", "system": "http://unitsofmeasure.org" }
  }]
}

Usages typiques

• Bases de cibles ChEMBL / DrugBank : import / export d'associations substance — cible.
• Dossiers eCTD module 2.6.2 : pharmacologie préclinique.
• Stratification thérapeutique : appariement substance — biomarqueur dans les CDS (Clinical Decision Support).
• Vigilance pharmaco-génomique : corréler une substance à un variant patient via le gène cible.
• R&D / repositionnement : recherche par cible.

Pièges courants

• Identifiant gène non normatif : toujours utiliser HGNC (HGNC:nnn), pas le symbole brut, pour éviter les conflits d'homonymie.
• UniProt sans isoforme : un identifiant UniProt comme P04626 doit être qualifié par sa version d'isoforme si pertinent (P04626-1, P04626-2).
• Mélange cible & mécanisme : target.type = nature (récepteur, enzyme), target.interaction = mécanisme (agoniste). Confondre les deux brouille la sémantique.
• Unité d'affinité manquante : 0.1 sans unité (nM, M, %) est ininterprétable. Toujours qualifier UCUM.
• Pas de source : une affirmation de cible sans source documentaire (DOI, PubMed) n'est pas auditable.

Ressources liées

• SubstanceDefinition — référence ce bloc.
• SubstanceNucleicAcid, SubstancePolymer, SubstanceProtein, SubstanceSourceMaterial.
• MedicinalProductDefinition — médicament concerné.
• DocumentReference — articles, dossiers, base de données externes.

Voir aussi : SubstanceDefinition et MedicinalProductDefinition.