SubstanceNucleicAcid — Structure d'un acide nucléique

L'une des cinq ressources de structuration des substances chimiques en FHIR R5. Décrit précisément la séquence, les modifications et la chimie d'un acide nucléique — ADN, ARN, oligonucléotides thérapeutiques (antisens, siRNA, mRNA vaccinal).

Objet de la ressource

Pour qu'un médicament puisse être identifié de manière unique par les agences réglementaires, sa substance active doit être décrite avec une précision moléculaire. Pour les biothérapies modernes — oligonucléotides antisens (Spinraza, Eteplirsen), siRNA (Patisiran, Inclisiran), vaccins ARNm (Comirnaty, Spikevax) — cette description repose sur la séquence et sur les modifications chimiques. SubstanceNucleicAcid est la structure formelle qui transporte cette information.

La ressource n'est pas destinée aux applications cliniques courantes (les EHR ne manipulent pas la séquence active du Comirnaty). Elle alimente les dossiers réglementaires (eCTD), les bases de données IDMP, les SPL (Structured Product Labeling FDA), et les substance ledgers mondiaux (GSRS, UNII).

Champs clés

Champ	Type	Cardinalité	Rôle
`sequenceType`	CodeableConcept	0..1	Type d'acide nucléique : `DNA`, `RNA`, `cDNA`, `mRNA`, `siRNA`…
`numberOfSubunits`	integer	0..1	Nombre de sous-unités (1 = simple brin, 2 = double brin).
`areaOfHybridisation`	string	0..1	Description narrative de la zone d'hybridation.
`oligoNucleotideType`	CodeableConcept	0..1	Type d'oligonucléotide : antisense, siRNA, aptamer, gapmer…
`subunit`	BackboneElement[]	0..*	Une entrée par sous-unité. Une seule pour un simple brin ; deux pour un double brin.
`subunit.subunit`	integer	0..1	Index de la sous-unité (1, 2…).
`subunit.sequence`	string	0..1	Séquence en notation IUPAC (A, U/T, G, C…).
`subunit.length`	integer	0..1	Longueur (nucléotides).
`subunit.sequenceAttachment`	Attachment	0..1	Séquence transportée en pièce jointe (FASTA, GenBank…).
`subunit.fivePrime`	CodeableConcept	0..1	Extrémité 5' (phosphate, hydroxyl, méthyl, cap…).
`subunit.threePrime`	CodeableConcept	0..1	Extrémité 3' (hydroxyl, phosphate, polyA…).
`subunit.linkage`	BackboneElement[]	0..*	Type de liaison inter-nucléotide (phosphodiester, phosphorothioate…) — clé pour les ASO.
`subunit.sugar`	BackboneElement[]	0..*	Type de sucre (ribose, désoxyribose, 2'-O-méthyl, LNA, MOE…).

Exemple JSON

Oligonucléotide antisens de 20 nucléotides, simple brin, sucre ribose, liaisons phosphodiester standards :

json substancenucleicacid-example.json

{
  "resourceType": "SubstanceNucleicAcid",
  "id": "example-oligo",
  "sequenceType": {
    "coding": [{
      "system": "http://terminology.hl7.org/CodeSystem/sequence-type",
      "code": "RNA",
      "display": "RNA"
    }]
  },
  "numberOfSubunits": 1,
  "areaOfHybridisation": "Single-stranded therapeutic oligonucleotide, 20 nt",
  "oligoNucleotideType": {
    "coding": [{
      "system": "http://terminology.hl7.org/CodeSystem/oligo-type",
      "code": "antisense",
      "display": "Antisense oligonucleotide"
    }]
  },
  "subunit": [{
    "subunit": 1,
    "sequence": "AUGCUUACGGGAUCUGAUAA",
    "length": 20,
    "sequenceAttachment": {
      "contentType": "text/plain",
      "data": "QVVHQ1VVQUNHR0dBVUNUR0FVQUE="
    },
    "fivePrime": {
      "coding": [{
        "system": "http://terminology.hl7.org/CodeSystem/sequence-five-prime",
        "code": "phosphate"
      }]
    },
    "threePrime": {
      "coding": [{
        "system": "http://terminology.hl7.org/CodeSystem/sequence-three-prime",
        "code": "hydroxyl"
      }]
    },
    "linkage": [{
      "connectivity": "5'-3' phosphodiester linkage",
      "identifier": { "value": "PO" },
      "name": "Standard phosphodiester",
      "residueSite": "all"
    }],
    "sugar": [{
      "identifier": { "value": "ribose" },
      "name": "Beta-D-ribose",
      "residueSite": "all"
    }]
  }]
}

Usages typiques

Enregistrement IDMP / eCTD : substance d'enregistrement d'un médicament ARN.
SubstanceDefinition : bloc référencé par SubstanceDefinition.structure pour décrire la chimie.
ATU / RTU (France) — déclaration de substance active dans un dispositif d'accès précoce.
GSRS (Global Substance Registration System) : import / export.
UNII / DailyMed FDA : lien vers les SPL américains.

Pièges courants

Séquence inline trop longue : pour les séquences >200 nt, préférer sequenceAttachment avec un fichier FASTA externe plutôt que sequence inline (limite de taille des resources).
Notation IUPAC non strictement A/U/G/C/T : les codes IUPAC étendus (N, R, Y, K…) sont autorisés mais doivent être documentés en areaOfHybridisation.
Phosphorothioate non déclaré : pour les antisens (ASO) où toutes les liaisons sont en phosphorothioate, manquer cette information rend la substance non identifiable réglementairement.
Confusion SubstanceNucleicAcid / MolecularSequence : MolecularSequence est destiné à la donnée patient (variant somatique, séquence de génome individuel). SubstanceNucleicAcid décrit une substance industrielle.
Double brin sans matching : pour un siRNA, les deux subunits doivent avoir des longueurs et des séquences complémentaires (réplication implicite à valider).

Ressources liées

SubstanceDefinition — référence ce bloc dans structure.
SubstancePolymer, SubstanceProtein, SubstanceReferenceInformation, SubstanceSourceMaterial — les autres ressources de chimie des substances IDMP.
MedicinalProductDefinition — le médicament autorisé qui contient cette substance.
MolecularSequence — équivalent côté patient (variants, séquences cliniques).

Voir aussi : SubstanceDefinition — la définition globale d'une substance et MedicinalProductDefinition — le médicament autorisé.

Fondamentaux

Standards

Messages phares

Outils